Tras varias semanas de incertidumbre, Mascherano le puso fin al asunto y dejó su cargo en la Sub-20 Argentina. En su única experiencia oficial al frente de la Selección nacional, no logró la clasificación al Mundial de Indonesia ni a los Juegos Panamericanos.
El Sudamericano Sub-20 desarrollado en Colombia fue el detonante para el precipitado final de su primera experiencia como director técnico, ya que no logró avanzar a la segunda etapa del torneo que se jugó entre el 19 de enero y el 12 de febrero. De ese modo, se quedó sin la Copa del Mundo que se jugará en Indonesia, del 20 de mayo al 11 de junio de este año. Además, esta pobre labor dejó a la Argentina fuera de los Juegos Panamericanos de Santiago que se disputarán del 20 de octubre al 5 de noviembre.
Públicamente admitió no ser merecedor de una nueva oportunidad, y que el castigo por sus errores era la renuncia: «No hay demasiado que pensar. Obviamente, sí agradecer a todos. Al presidente -Claudio Tapia-, por la oportunidad. A los clubes, porque siempre nos han dado una mano, nos han dado los jugadores; los hemos molestado mucho durante todo el año, inclusive ahora, durante toda la preparación». «No tengo mucho por decir: no hay excusas. Acá el que falló soy yo y tengo que hacerme cargo», enfatizó el ex jugador de River y Barcelona, entre otros clubes.
Sin embargo, el presidente de la AFA respaldó la continuidad del entrenador: «Es el camino que hemos elegido y el camino que queremos andar todos. Seguiremos sembrando para cosechar». Finalmente, Mascherano decidió dar un paso al costado y su trabajo duró poco más de un año. A principios de 2021 fue presentado como director del Departamento de Metodología y Desarrollo, un programa amplio e integral para las selecciones masculinas y femeninas. En diciembre de ese mismo año, fue anunciado como el reemplazo de Fernando Batista.
